サイトのトップページの右カラムにいくつかのカテゴリーの最新記事を表示しているのですが、 MT4に切り替えてからなんかおかしい？カテゴリーを複数登録すると片方にしか表示されないかも？と感じつつ放置してました。
ちょっと調べたら理由は単純でMTタグのunique=のせいだったのでメモ。

unique="1 | 0" このモディファイアを付与すると、その MTEntries ブロックは、同じテンプレート内で使用した MTEntries ブロックで出力したブログ記事を除いて出力 します。 <／blockquote>

はい、ちゃんとマニュアル読みましょう。